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1、CHARMM 簡介

      CHARMM（Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics）是一種用于分子動力學的分子力場，同時，采用這種力場的分子動力學軟件包也采用了這個名稱。CHARMM是一個被廣泛承認并應用的分 子動力學模擬程序，用于生物大分子的模擬，包括能量最小化，分子動力學和蒙特卡羅模擬等。程序采用由哈佛大學的Martin Karplus教授建立的CHARMM力場，可以為用戶提供處理各種小分子、大分子（包括蛋白質、核酸和糖）的經驗化能量計算，包括：相互作用能及構象能 量、局域最小化、旋轉勢壘、與時間相關的動力學行為、振動頻率等。模擬過程提供了有關分子結構、相互作用、能量等信息。CHARMM包含具有專家特點的標 準最小化和分子動力學方法，包括正則模式計算、相關性分析、量子力學與分子力學相結合的方法等。CHARMM開發項目包括一個與Martin Karplus及其在哈佛的研究小組合作的開發者網絡，這個網絡包含了美國等地的開發者，協同開發及維護CHARMM軟件包。

2、運行CHARMM

     CHARMM 可在各種各樣的UNIX、Linux 及Windows 環境下運行。根據電腦的類型和計算的需求，可以使用不同的版本：

small：6,000 原子

medium：25,000 原子(推薦)

large：60,000 原子

xlarge：240,000 原子

xxlarge：360,000 原子

huge：1,000,000 原子

      計算機中所運行的程序可以分為兩大類：選單驅動和命令驅動。所謂選單驅動，就是通過圖形用戶界面，用鼠標點擊選取選單命令，實現所需的操作和計算。而命令驅動是要在命令行調用程序，通過鍵盤輸入命令。CHARMM 程序使用命令行界面，絕大部分的操作要經由輸入命令完成。